Лицей был основан по указу императора Александра I. Он предназначался для обучения дворянских детей - по первоначальному плану в Лицее должны были воспитываться также и младшие братья царя - Николай и Михаил. Программа была разработана М. М. Сперанским и ориентирована, в первую очередь, на подготовку государственных просвещённых чиновников высших рангов. В лицей принимали детей 10-14 лет, приём осуществлялся каждые три года. Первые годы Лицей находился в ведении Министерства народного просвещения, а в 1822 году был подчинён военному ведомству.

Окончив лицей, выпускники решили ежегодно собираться 19 октября, в день открытия лицея. В годы ссылки, когда Пушкин не мог в день годовщины быть вместе с товарищами, он присылает собравшимся свое приветствие. В послании 1825 года Пушкин обращается к друзьям, вспоминает дни лицея, своих однокурсников. Он говорит о дружбе лицеистов, сплотившей их в единую семью.