le mono- e diossigenasi sono enzimi spesso utilizzati , per renderli più efficaci si usano due tecniche, la prima quella dello scambio di geni tra enzimi correlati e l'altra tecnica è una mutazione in sito diretta quindi vanno modificati direttamente gli amminoacidi che compongono gli enzimi.

modificando le proteine regolatrici della trascrizione dell'informazione per la sintesi dell'enzima si possono degradare substrati che prima non venivano considerati dal microrganismo

I PCB sono difficili da degradare grazie alla loro stabilità molecolare e alla loro idrofobicità

fattori per l'utilizzo di microrganismi geneticamente modificati :

• capacità del microrganismi di crescere e moltiplicarsi mantenendo inalterato il genotipo acquisito
• la possibilità di trasferirlo a microrganismi indigeni con conseguenze imprevedibili

fattori di sopravvivenza di un microrganismo geneticamente modificato:

• velocità dì crescita
• concentrazione iniziale
• condizioni ambientali
• presenza di competitori o predatori

una delle maggiori preoccupazioni per l'impiego è la possibilità di mutare i microrganismi autoctoni ai quali potrebbe venir passato del materiale genico dagli MGM inseriti nell'ambiente tramite coniugazione , trasformazione e trasduzione.

la morte programmata quando il microrganismo porta a termine la degradazione usando un gene killer.